طرقة استعمال برنامج Rastop

برنامج الراستوب: Rastop
Rastop هو برنامج مكمل لبرنامج
الراسمول، يتم بواسطته دراسة البنية الفراغية للبروتينات والأحماض
النووية، والجزيئات الحيوية بصفة عامة، لا يختلف كثيرا عن برنامج الراسمول
إلّا أننا نجد به وظائف جديدة أخرى، مثل إمكانية فتح أكثر من جزيئة في نفس
النافذة لدراستها معاّ.

~ كيفية تحميل برنامج Rastop

يمكن تحميل برنامج راستوب Rastop، مجانا من شبكة الإنترنيت،،

* إما بالطريق الأسهل: وهو موجود في هذا الرابط (كل الملفات في رابط واحد).

رابط التحميل:

البرنامج باللغة الفرنسية

http://www.4shared.com/file/MZA0wdbQ/res.html

البرنامج باللغة العربية (تعريب اللأستاذ خالد -المدرسة العليا للاساتذة القبة-):

http://www.4shared.com/file/i7T5ixIM/ras.html

كلمة المرور لفك ضغط الملفات:
www.ensdz.com

* أو بالطريق الأصعب: وهو إنطلاقا من الموقع الرسمي للبرنامج بإتباع الرابط التالي:
http://www.inrp.fr/Acces/biotic/rastop/accueil.htm

سيتم تحميل الملف بشكل مضغوط "ZIP" طبعاً، تحتاج لبرنامج لفك ضغط الملفات
المضغوطة، لتتحصل على الملفات بداخله، وأعتقد ان البرنامج متوفر لدى
الجميع، إذا لم يكن لديك يمكنك تحميله البرنامج من هنا.

1- أول خطوة بعد دخولك للموقع السابق، قم بالضغط على كلمة Téléchargement .
2- تظهر بعدها صفحة جديدة، تنبهك بضرورة التسجيل قبل تحميل البرنامج، لذلك عليك التسجيل أولا، وذلك بالضغط على Enregistrer.

3- قم بإدخال بيانات التسجيل المتمثلة في، البريد الإلكتروني، والإسم
واللقب، والمدينة والرمز البريدي. ثم إضغط على Valider. في هذه الحالة سيتم
إرسال كلمة المرور واسم المستخدم الخاصين بك في بريدك الإلكتروني، لذلك
عليك تفقد بريدك الإلكتروني لجلب معلومات الدخول.

4- بعد الإنتهاء من التسجيل إضغط على Téléchargement ، وأدخل بيانات
الدخول، اسم المستخدم والكلمة المرور للدخول التي تم إرسالها إلى بريدك
الإلكتروني.

5- لتحميل الملفات إضغط على الروابط كما هو موضح في الصورة. (1) لتحميل
البرنامج وبعض الملفات المساعدة لكيفية تشغيله. (2) لتحميل ملفات (DLL)
تشغيل البرنامج.
ملاحظة : يتطلب تشغيل البرنامج تحميل بعض الملفات الخاصة المرافقة له والتي يجب أن تكون موجودة معه في نفس الوقت.

~ طريقة تشغيل البرنامج:

قم بفتح
المجلد الذي يحتوي على البرنامج، واضغط على أيقونة البرنامج كما في الصورة.
بعد النقر على أيقونة البرنامج تظهر نافذة البرنامج كما في الصورة.

I- الأوامر الخاصة بالبرنامج
II- نافذة العرض
III- لوحة التحكم

تم تصغير هذه الصورة. إضغط هنا لرؤية الصورة كاملة. الحجم الأصلي للصورة هو 716 * 443.

I- الأوامر الخاصة ببرنامج :

هناك مجموعة من الأوامر في
برنامج الراستوب، تتراوح من المهمة والضرورية إلى الأقل أهمية وقليلة
الإستعمال، لذلك تم وضع اختصار للأوامر المهمة، بشكل أزرار في أعلى شاشة
العرض (مجموعة الأدوات)، ولكن كل الأوامر مجموعة في القائمة بالأعلى.

I-I- مجموعة الأدوات:
كما قلنا فهي عبارة عن مجموعة من الأزرار الضرورية للعمل، يتم النقر عليها مباشرة لتطبيق الأمر الذي يؤديه كل واحد منها.

المجموعة الأولى:

تم تصغير هذه الصورة. إضغط هنا لرؤية الصورة كاملة. الحجم الأصلي للصورة هو 716 * 200.

1- Nouveau : لفتح نافذة جديدة للبرنامج.
2- Ouvrir: فتح ملف جزيئة (بروتين مثلا).
3- Enregistrer : حفظ ملف جزيئة (بروتين مثلا).
4- Imprimer: طباعة نموذج ما للجزيئة المدروسة (بروتين مثلا).
5- Aide de Rastop : إعطاء معلومات حول البرنامج.
6- Cascade: إعادة تنظيم النوافذ المفتوحة.
7- Fichier de molécule: إظهار محتوى ملف البروتين.
8- الأوامر المتحكمة في النماذج التي تريد اظهار الجزيئات بها.

تم تصغير هذه الصورة. إضغط هنا لرؤية الصورة كاملة. الحجم الأصلي للصورة هو 731 * 387.

تم تصغير هذه الصورة. إضغط هنا لرؤية الصورة كاملة. الحجم الأصلي للصورة هو 750 * 373.

9-Axes de l'univers : إظهار محاور المعلم الفضائي.
10- Palettes de colorer : لوحة الألوان:

بعد النقر على هذا الزر ستظهر
لوحة الألوان التي تسمح بتلوين مجموعة من العناصر الموجودة في الجزيئة.
المجموعة تكون موجودة في القائمة المنسدلة في أعلى لوحة الالوان، مثلا إما
أن تكون الذرات، أو الروابط، أو الروابط الهيدروجينية... تقوم بإختيار
المجموعة التي تريد تلوينها أولاً، ثم قم باختيار اللون الذي تريد ان تطبقه
على المجموعة. لاحظ في أول مجموعة الألوان مربع به علامة (-)، هذا الزر
خاص بالتلوين حسب CPK. اما في آخر المجموعة فيوجد مربع به علامة (+)، هذا
الزر يسمح بإختيار ألوان أخرى.

11- Fenêtrer d'écho
: إعطاء معلومات حول الجزئية المدروسة، مثلا: إذا كانت الجزيئة عبارة عن
بروتين، سيتم إعطاء، اسم البروتين، تصنيفه، عدد (السلاسل، المجاميع،
الروابطن الذرات...)

12- Tout sélectionner : اختيار كل الذرات المكونة لجزيئة البروتين.
13- Précédent : العودة إلى الإختيار السابق (على مستوى واحد).
14- Inverser la sélection : عكس الإختيار.
15- Expression : بالنقر على هذا الزر تظهر نافذة نكتب فيها الإختيار المراد تطبيقه.
16- Boites de sélection prédéfinies : تسمح بتحديد نوع الإختيار.

> Eléments :
قائمة منسدلة تظهر العناصر المتدخلة في تركيب البروتين مثل مجموع الأحماض
الأمينية، مجموع الذرات المكونة للجزيئ (البروتين)، جزيئة الماء.
> Propriétés : إظهار قائمة المجاميع المكونة للجزيئ (البروتين).

المجموعة الثانية:

1- Sélectionner les atomes
: تحديد الذرات: بعد النقر على هذا الزر سيصبح المؤشر مهيئا لتحديد مجموع
الذرات التي تختارها، فتقوم بحصرها في إطار التحديد، لاحظ الصورة.
2- Sélectionner l'élément
: تحديد عنصر، يسمح هذا الزر باختيار مجموعة من الذرات بعد تشغيله، ننقر
فوق ذرة من أي مجموعة فيتم اختيار كل الذرات المنتمية إلى تلك المجموعة.

3-Sélectionner la chaîne : تحديد سلسلة:
يسمح هذا الزر بإختيار الذرات المكونة للسلسلة البيبتيدية، بعد الضغط على
هذا الزر، ننقر فوق ذرة من أي سلسلة فيتم اختيار كل الذرات المنتمية لتلك
السلسلة، طبعا إذا كان البروتين يتكون من سلسلة واحدة فإنه سيتم تحديد كل
ذرات البروتين.
4- Sélectionner la molécule : يسمح هذا الزر بإختيار جزيئة بروتين من بين مجموع الجزيئات المعروضة في نفس النافذة، وذلك بالنقر فوق ذرة من هذه الجزيئة.
5-Centrer : يسمح هذا الزر بمركزة دوران جزيئة البروتين حول الذرة المختارة.
6- Etiquettes : لإظهار إسم ذرة ما في الجزيء، وذلك بعد بالضغط على هذا الزر ثم الضغط على الذرة المراد معرفة اسمها.
7- Distances : لقياس المسافة بين ذرتين من
الجزيئ المدروس. بعد النقر على هذا الزر، قم بالنقر على الذرة الأولى ثم
الذرة الثانية، المراد قياس المسافة بينهما، وسوف يظهر خط متقطع يصل بين
الذرتين.

8- Angles : لقياس الزاوية المتشكلة بين
ثلاث ذرات مختلفة في الجزيئ المدروس، نقوم بالنقر على هذا الزر ثم ننقر على
الذرات الثلاثة المراد قياس الزاوية بينها، فتظهر قيمة الزاوية وخط متقطع
مقابل للزاوية المقاسة (الرابط بين الذرة الأولى والثالثة).

9- Torsion : لقياس زاوية الإنعطاف المتشكلة
بين أربعة ذرات مختلفة، بعد النقر على هذا الزر نقوم بالنقر بالترتيب على
الذرات الأربعة، فتظهر الزاوية المتشكلة بينها وخط متقطع يربط بين الذرة
الأولى والذرة الرابعة.

10- Lumière : التحكم في وضعية الإضاءة.
11- Nouvelle sélection : تطبيق اختيار جديد.
12- Ajouter a la sélection : إضافة إختيار جديد.
13- Retirer de la sélection : إلغاء اختيار.
14- Extraire de la sélection : استرجاع الاختيار.
15- Exclure de la sélection : استبعاد الاختيار.

» برنامج anagene
» برنامج الحماية الشهير الخرافي كاسبرسكاي 2014